几年前，人们用超级战舰“航天”号在南极击败了“哥斯拉”，并将“哥斯拉”封印在地下。但除了“哥斯拉”之外，地球上还有很多其他的怪物，监视着人类的各大城市。于是，人类成立了“地球防卫部”来应对各种怪物的入侵。地球国防部最强大的成员是封印了哥斯拉及其船长“道格拉斯·戈登上校”的“猎人”。另外，为了应对怪物给人类带来的问题，地球防卫部专门挑选了具有特殊能力的人类。这些“超人”拥有正常人类所没有的“M染色体”，因此这些人类可以很强。超越常人的身体能力和应对怪物攻击的敏捷性。其中最主要的是“大崎新一少尉”。很久以前，出土了一只巨大怪物的遗骸，而这只怪物同时拥有机械和生物的本质，人们怀疑能够将生物和机械结合在一起的怪物一定来自外太空。很快，尾崎新一就收到了婴孩岛上“小美人”的警告。这个怪物就是后来被“魔斯拉”封印的“Kiken”。凯根的出现预示着人类的危机。凯发现后不久，世界各地突然同时遭到怪物袭击，一时让地球防卫部异常忙碌。但神秘位面却突然出现，将这些怪物全部带走。这些外星访客自称为“X行星”，并声称自己是人类的朋友，想要与人类结成联盟，并且一颗巨大的行星即将攻击地球。然而，在大崎新一、道格拉斯等人的调查下，他们发现并没有神秘行星撞击地球。而这些怪物基本上都是被入侵地球的外星人释放的。 X行星基本上是想把人类当作食物。虽然外星人的真实身份被揭露，但外星人拥有令人难以置信的超能力和听从外星人命令的巨大怪物。地球的防御力终于被摧毁，只剩下洪天还屹立不倒。这一次，道格拉斯想出了一个大胆的计划，解开哥斯拉在南极的封印，让代表地球上最强大怪物的哥斯拉面对这些外星入侵者……