公元1999年一颗不知名的大型“陨石”撞击地球。后来的调查证实确实是外星人，世界上一些最强大的国家不得不掩盖外星飞船坠毁事件，以修复它并修复对地球环境的破坏。成立了统一政府。它被地球联合军改装成一艘全长1200米的超大型战舰，名为“Macras”（德语“大宇宙”的意思）。在此期间，人类经历了联邦主义阵营和联邦主义国家阵营之间的分裂，马克罗斯的改革在持续不断的战争中继续进行。直到10年后，马克罗斯正式发射的那一天，月球轨道附近才突然检测到大规模的时空跳跃反应。这时，马克罗斯号上的主炮自动开火，击中了出现在月球上的外星舰队！事情到了这一步，突然变得如此紧急，不去激怒对方才怪……于是联军只好投入战斗，无视超时空，专心分散敌人的注意力。年轻人一木（Ichiki）意外登上联合军战斗机并参战，他是一名……